3. Juli 2023

NFS AntiResist: Vom Patienten zum Medikament

Im Kampf gegen Antibiotika-resistente Keime ist ein multidisziplinäres Netzwerk entstanden, das Klinik und Grundlagenforschung eng miteinander verknüpft.

In der ersten Phase des für einen Zeitraum von 12 Jahren geplanten und vom Schweizerischen Nationalfonds geförderte Forschungsschwerpunktes NFS AntiResist werden unter anderem klinisches Material und Daten von hospitalisierten Patientinnen und Patienten mit bestimmten bakteriellen Infektionen (siehe Kasten) gesammelt und für die Forschung bereitgestellt. Sie liefern einen wichtigen Teil der Datengrundlage für die Suche nach neuen Wegen der Infektionsbekämpfung.

Besonderer Umgang mit klinischen Daten

Daten, die in Spitälern gesammelt werden, seien es Kontaktdaten, Behandlungsdaten oder Daten zu entnommenen Proben und isolierten Bakterienstämmen gelten von Gesetzes wegen als besonders schützenswert, da sie immer mit einer Person verknüpft sind. Man spricht auch von sensitiven Daten. Der Umgang mit solchen sensitiven Daten erfordert spezielle technische und vertragliche Massnahmen. Diese zu etablieren und lückenlos sicherzustellen, ist die Aufgabe des Medical Data Office. Hier arbeiten Expertinnen und Experten des Departements Klinische Forschung aus den Bereichen Regulatorik, Data Management, Data Science und IT zusammen.

Bevor sensitive Daten die Spitäler verlassen können, muss eine Reihe von Sicherstellungen gewährleistet sein. So müssen beispielsweise die benötigten Genehmigungen für die Datenverwendung zu Forschungszwecken vorliegen. Die Datensammlung und Probenentnahmen müssen in allen Spitälern in harmonisierter und standardisierter Weise erfolgen, Qualitätskontrollen müssen eingeführt sein. Der Datentransfer muss durch geeignete technische Systeme und Verträge abgesichert sein. Schliesslich müssen alle Materialien und Patientendaten de-identifiziert (verschlüsselt) werden, bevor diese den Forschenden zur Verfügung gestellt werden können. All das ist Aufgabe des Medical Data Office.

Breite Datengrundlage

Durch Zusammenführung der klinischen Informationen von Patientinnen und Patienten mit den Informationen aus der Grundlagenforschung entsteht eine einzigartige Datengrundlage für die Entwicklung neuer in-vitro Modelle und antimikrobieller Stoffe. Das Medical Data Office ist daher in engem Austausch mit dem am Biozentrum angesiedelten Research Data Officer, welcher für das Management der Daten aus der Grundlagenforschung wie beispielsweise aus dem Cell-Imaging und der Genomics-, Proteomics- oder Metobolomics-Forschung zuständig ist. Die sichere Verknüpfung der Daten aus Klinik und Labor ist die gemeinsame Aufgabe von Medical Data Office und Research Data Officer. Die geeignete technische Umgebung dafür wird von sciCOREmed der Universität Basel gestellt.